В прошлом сезоне несколько серьёзных испытаний значительно сказались на отношении Даны к работе. Сначала был похищен её напарник Фокс, а затем Скалли и вовсе побывала на его похоронах. Впрочем, всё обошлось, и один из самых эффективных агентов отдела «Секретные материалы» оказался живее всех живых. За чередой сложностей последовали и положительные новости – у Малдера и Скалли родился ребёнок, что значительно повлияло на обоих героев. Фоксу пришлось временно «уйти в подполье», Дана перевелась из оперативного отдела в штаб ФБР, чтобы не рисковать своей жизнью. Их места в X-files заняли не менее способные агенты: Джон Догетт, который уже сотрудничал со Скалли в прошлом сезоне, и его напарница Моника Рейес. Теперь Скалли их консультирует, помогая раскрывать сложные дела. Вскоре героиня узнаёт шокирующую новость, подтверждающую все опасения – у её ребенка действительно инопланетная ДНК! А когда об этом становится известно членам Синдиката, они начинают охоту за маленьким Уильямом и его матерью...

Финал седьмого сезона был ошеломительным для всех верных поклонников фантастического сериала, рассказывающего об инопланетянах и их связи с правительством США. Малдер, который на протяжении семи лет гонялся за пришельцами, сам стал их жертвой – герой был похищен при загадочных обстоятельствах. Но «Секретные материалы» не прекращают свою деятельность, хотя без самого настойчивого агента дела идут намного хуже. Вскоре Скалли обзаводится новым напарником – Джоном Доггетом, – вместе с которым она пытается разыскать хоть какую-нибудь ниточку, способную подсказать, где сейчас находится Фокс. Но серия неудач заставляет Дану с головой погрузиться в работу, чтобы не думать о бывшем напарнике. С Джоном она берётся за расследование случаев необъяснимых беременностей – молодые женщины утверждают, что их похищали инопланетяне, после чего они узнавали о своём интересном положении. Для Даны это дело особенно актуально ещё и потому, что её беременность проходила в схожих обстоятельствах...

События начинаются с трагичного известия – Малдер оказался в больнице. Теперь один из самых любознательных агентов ФБР находится в коме, и в любой момент его состояние может ухудшиться. Чтобы навестить напарника, Скалли бросает исследования в Африке, где она пыталась изучить найденные учёными инопланетные реликты. Когда героиня сериала «Секретные материалы» пребывает в Вашингтон, её ждёт не самый приятный сюрприз – агент бесследно исчез из своей палаты. Дана пересматривает записи с камер наблюдения, но не может рассмотреть лица похитителя, наблюдая в кадре лишь руку с сигаретой. Нетрудно догадаться, что им стал «Курильщик», решивший рассказать Малдеру о том, что это он его настоящий отец. Правда, в нём говорят не только отеческие чувства, мужчина собирается использовать мозг сына в личных целях – для пересадки, чтобы избавиться от опухоли и расширить свои возможности. У Скалли появляется призрачный шанс спасти напарника, но справится ли она с этим?

Новые серии с первых минут повествования окунают зрителей в очередные неприятности, свалившиеся на долю Малдера – его деятельностью в целом и миссией в Антарктиде в частности заинтересовалось руководство Федерального бюро расследований. В итоге это приводит к отстранению героя от проекта «Секретные материалы». Вслед за ним доступ к отделу закрывают и для Скалли. Пока Скиннер пытается всё исправить, напарники решают собственными усилиями доказать начальству, что их труды не напрасны. Агенты узнают о сбежавшем из лаборатории инопланетянине, которого сейчас разыскивают по всей Аризоне. Они отправляются на поиски гуманоида, желая таким образом вернуть себе место в отделе. Герои и представить не могли, что совсем скоро им откроется настоящая правда о планах инопланетян относительно нашей планеты. Но ещё напряжённее ситуация станет в тот момент, когда будет очевидно, что даже совместные усилия Малдера и Курильщика уже не смогут ничего остановить, ведь в ближайшее время пришельцы собираются начать колонизацию Земли...

Главным героям уже пришлось столкнуться с рядом разнообразных испытаний, начиная от гибели помогающего им «Глубокой глотки» и заканчивая печальной новостью о смертельной болезни Скалли. Но впереди агентов отдела «Секретные материалы» ожидает ещё больше трудностей. Фокс так и не смог найти способ вылечить больную напарницу, хотя он и сумел выяснить, что в её болезни виноваты бесчеловечные опыты похитителей. Малдер чувствует свою вину в том, что каждый прожитый день может оказаться для Скалли последним... Понимая, что у него есть шанс всё исправить, агент решает инсценировать суицид, чтобы таким образом выйти из-под надзора членов Синдиката. Подобный ход помогает ему стать «невидимкой» – Малдер проникает в тайную часть Пентагона, чтобы найти там лекарство для Даны. Однако во время вылазки Фокс узнаёт намного больше, чем планировал изначально. Новая информация полностью переворачивает взгляды Малдера на происходящее, делая ситуацию ещё более неоднозначной...